Le conseil scientifique est composé de dix personnalités nommées par arrêté du ministre de tutelle en raison de leurs compétences dans les domaines de la protection, de la restauration ou de la gestion durable du patrimoine naturel marin.

Il élit en son sein un président.

Le président et les membres du conseil scientifique exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour supportés par eux dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le conseil scientifique est consulté sur les projets de création des parcs naturels marins et leurs plans de gestion.

Il peut être consulté par le président du conseil d'administration ou le directeur de l'agence sur toute question relative aux missions de l'agence ou à un parc naturel marin.

Il fait des recommandations sur la constitution du réseau national d'aires marines protégées et sur la création d'aires marines protégées internationales, ainsi que sur toute question sur laquelle il estime nécessaire d'attirer l'attention du conseil d'administration ou du directeur de l'agence.