Le ministre de tutelle désigne auprès de l'agence un commissaire du Gouvernement qui peut se faire représenter.

Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations adressées aux membres du conseil d'administration et du bureau et siège avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi qu'à celles des commissions qu'ils ont constituées.

Il peut demander l'inscription de questions à l'ordre du jour du conseil d'administration.

Il reçoit copie des délibérations du conseil d'administration et, s'il le demande, des décisions prises sur délégation de ce conseil.

Les délibérations du conseil d'administration, à l'exception des délibérations budgétaires, sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans le délai de quinze jours qui suit soit la date de réunion du conseil d'administration lorsqu'il y a assisté ou y était représenté, soit la date de réception du procès-verbal de la séance. Les délibérations budgétaires sont régies par l'article R. 334-18, elles sont exécutoires de plein droit si le ministre de tutelle et le ministre chargé du budget n'y font pas opposition dans le délai d'un mois qui suit la date de réception de la délibération.

Lorsque le commissaire du Gouvernement demande par écrit des informations ou documents complémentaires, le délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.

Le commissaire du Gouvernement peut demander une seconde délibération dans les délais mentionnés à l'article R. 334-25.

Si après une seconde délibération le désaccord persiste, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier dans les quarante-huit heures au ministre de tutelle.

Le ministre de tutelle statue après avoir recueilli, s'il y a lieu, l'avis du ministre chargé de la mer, du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget. Si le ou les ministres consultés ne se sont pas prononcés dans les quinze jours suivant la date à laquelle leur avis a été sollicité, ils sont réputés être favorables à la levée de l'opposition.

L'opposition du commissaire du Gouvernement est levée de plein droit si le ministre de tutelle n'a pas statué dans le délai d'un mois.