Pour les installations soumises à autorisation, la procédure prévue à la section 2 du chapitre III du titre II du livre Ier et aux articles R. 512-14, R. 512-19 à R. 512-22 et R. 512-25 est dirigée par le préfet à l'initiative du ministre de la défense.
A la demande du ministre, le préfet disjoint du dossier soumis à l'enquête et aux consultations les éléments de nature à entraîner la divulgation de secrets de défense nationale dans le domaine militaire ou industriel.
Les résultats de l'enquête publique ainsi que les avis recueillis sont transmis par le préfet au ministre de la défense.
L'arrêté du ministre de la défense autorisant une installation classée est communiqué au préfet en vue de l'information des tiers en application du 1° et du 5° du I de l'article R. 512-39. L'extrait de l'arrêté mentionné au 2° du I de l'article R. 512-39 est publié par les soins du préfet sur le site internet de la préfecture du département dans lequel l'installation est implantée.