L'agrément peut être suspendu ou retiré par arrêté motivé du préfet en cas de manquement de l'exploitant à ses obligations. L'intéressé doit recevoir une mise en demeure et avoir la possibilité d'être entendu.
Toutefois le retrait ou la suspension est prononcé par le ministre chargé des installations classées lorsque celui-ci est compétent en application du premier alinéa de l'article L. 512-2.