Le conseil d'administration constitue en son sein un bureau comprenant le président du conseil d'administration, un représentant du ministre de tutelle, un représentant du ministre chargé de la mer, un représentant du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, un représentant du ministre chargé de l'outre-mer, un représentant de collectivités territoriales, un président de conseil de gestion de parc naturel marin, un représentant d'une autre catégorie d'aire marine protégée, le représentant du personnel de l'établissement et une personnalité nommée au titre du 18° du II de l'article R. 334-4.

La composition du bureau et les conditions de désignation de ses membres sont précisées par le règlement intérieur adopté par le conseil d'administration.

Le bureau exerce les attributions qui lui ont été déléguées.

Le directeur, l'agent comptable et le membre du corps du contrôle général économique et financier assistent aux réunions du bureau avec voix consultative.