Le conservatoire est soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé de la protection de la nature.

Le membre du corps du contrôle général économique et financier assiste aux délibérations du conseil d'administration avec voix consultative.