Lorsque les immeubles relevant du conservatoire constituent un site cohérent au regard des objectifs poursuivis, un plan de gestion est élaboré par le conservatoire en concertation avec le gestionnaire et les communes concernées. A partir d'un bilan écologique et patrimonial ainsi que des protections juridiques existantes, le plan de gestion définit les objectifs et les orientations selon lesquels ce site doit être géré.

Le plan de gestion peut comporter des recommandations visant à restreindre l'accès du public et les usages des immeubles du site ainsi que, le cas échéant, leur inscription éventuelle dans les plans départementaux des espaces, sites et itinéraires de sports de nature visés à l'article 50-2 de la loi n° 84-610 du 10 juillet 1984 relative à l'organisation et à la promotion des activités physiques et sportives.

Approuvé par le directeur du conservatoire, le plan de gestion est annexé à la convention de gestion. Il est transmis au maire de la commune, au préfet de département et au préfet de région.