Le comité est constitué de cinq collèges :

1° Un collège de représentants de collectivités territoriales et de leurs groupements représentant au moins 30 % des membres du comité, comprenant notamment des représentants de l'ensemble des départements et des parcs naturels régionaux de la région ainsi que, sur proposition de chacune des associations départementales des maires de la région, des représentants des communes concernées et des groupements de communes compétents en matière d'aménagement de l'espace ou d'urbanisme ;

2° Un collège de représentants de l'Etat et de ses établissements publics représentant au moins 15 % des membres du comité ;

3° Un collège de représentants d'organismes socio-professionnels et d'usagers de la nature de la région représentant au moins 20 % des membres du comité ;

4° Un collège de représentants d'associations, d'organismes ou de fondations œuvrant pour la préservation de la biodiversité visés à l'article L. 141-3 et de gestionnaires d'espaces naturels représentant au moins 15 % des membres du comité, comprenant notamment des représentants de l'ensemble des parcs nationaux de la région ;

5° Un collège de scientifiques et de personnalités qualifiées représentant au moins 5 % des membres du comité.