Le secrétariat de la Cour nationale du droit d'asile est assuré par un secrétaire général nommé par le vice-président du Conseil d'Etat sur proposition du président de la cour.
Sous l'autorité du président de la cour, le secrétaire général encadre les services de la juridiction et veille à leur bon fonctionnement. Il est assisté par des secrétaires généraux adjoints.