Les opérations financières et comptables de l'office sont effectuées conformément aux dispositions de l'article 60 de la loi de finances pour 1963, du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation budgétaire applicable aux établissements publics à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'office est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle économique et financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du contrôleur financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'asile et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'office est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'asile et du ministre chargé du budget.

Le directeur général de l'office peut créer des régies de recettes et d'avances sur avis conforme de l'agent comptable, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.