L'agent comptable perçoit une indemnité de caisse et de responsabilité fixée par arrêté du ministre chargé du budget dans les conditions prévues par le décret n° 73-899 du 18 septembre 1973 relatif aux indemnités de caisse et de responsabilité allouées aux agents comptables des services de l'Etat dotés d'un budget annexe et aux agents comptables des établissements publics nationaux.

Le cas échéant, il perçoit une indemnité pour rémunération de services fixée par arrêté du ministre chargé du budget dans les conditions prévues par le décret n° 88-132 du 4 février 1988 relatif à l'indemnité pour rémunération de services allouée aux agents comptables d'établissements publics nationaux, de comptes spéciaux du Trésor, de budgets annexes, d'établissements publics locaux d'enseignement et de formation professionnelle agricoles et d'écoles de formation maritime et aquacole (1).