Le tribunal aux armées comporte une chambre de l'instruction composée d'un président et de deux assesseurs, tous trois magistrats du siège appartenant au corps judiciaire et désignés dans les conditions prévues à l'article L. 111-9 .

La présidence de la chambre de l'instruction est assurée par un conseiller de cour d'appel. Les fonctions du ministère public sont assurées par le procureur général près la cour d'appel ou l'un de ses avocats généraux ou substituts généraux et celles du greffe par un greffier de la chambre de l'instruction de la cour d'appel. La désignation des magistrats se fait conformément au code de procédure pénale.