La désignation du président, du magistrat assesseur de la chambre de l'instruction ainsi que de leurs suppléants est faite par ordonnance du premier président de la cour d'appel ou du président du tribunal supérieur d'appel.
Le juge militaire ainsi que le juge militaire suppléant appartiennent indifféremment à l'une des trois armées et sont désignés dans les conditions prévues à l'article L. 112-16.