Pour l'application des dispositions du premier alinéa de l'article L. 2142-1, le déclassement du domaine public fluvial de l'Etat est prononcé par arrêté du préfet coordonnateur de bassin, dans chaque bassin défini en application de l'article L. 212-1 du code de l'environnement. Le préfet coordonnateur de bassin peut déléguer cette compétence, pour les sous-bassins ou fractions de sous-bassins, à un préfet de région ou de département.
L'enquête publique prévue en matière de déclassement par l'article L. 2142-1 du code général de la propriété des personnes publiques se déroule dans les conditions fixées par le code de l'expropriation pour cause d'utilité publique. Dans le cas d'un déclassement du domaine public fluvial d'une collectivité territoriale ou d'un groupement, la procédure d'enquête est menée par la collectivité.