Le représentant de l'Etat à Mayotte est le délégué territorial du Centre national pour le développement du sport. Il est assisté d'un délégué territorial adjoint désigné par le directeur général sur proposition du délégué territorial.

Dans la collectivité, une commission territoriale du Centre national pour le développement du sport émet un avis sur l'attribution des subventions de fonctionnement destinées aux groupements sportifs locaux, en cohérence avec les directives de l'établissement concernant la répartition des subventions à attribuer au niveau local. La composition et les modalités d'intervention de cette commission sont fixées par arrêté du ministre chargé des sports, en tenant compte des caractéristiques de la collectivité et dans le respect des compétences propres à ses institutions.