Les membres de la commission territoriale exercent leurs fonctions à titre gratuit. Ils peuvent bénéficier, pour leur participation aux séances de la commission dont ils sont membres, du remboursement de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.

Ils ne peuvent en aucun cas prêter leur concours à l'établissement à titre onéreux.

Ils ne peuvent prendre part aux délibérations ayant pour objet une question pour laquelle ils ont un intérêt personnel ou qui concerne l'attribution ou le versement d'une subvention à un organisme dans lequel ils exercent une fonction d'administrateur ou de dirigeant.