L'Autorité de régulation des activités ferroviaires dispose de l'autonomie financière. Elle perçoit le produit du droit fixe établi à l'article L. 2132-13. La loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne lui est pas applicable.L'autorité perçoit, le cas échéant, des rémunérations pour services rendus. Le président de l'autorité est ordonnateur des recettes et des dépenses.L'autorité est soumise au contrôle de la Cour des comptes.

Il est institué, à compter du 1er janvier 2009, un droit fixe dû par les entreprises ferroviaires qui utilisent le réseau ferroviaire au sens de l'article L. 2122-1. Le montant de ce droit est fixé par les ministres chargés des transports et du budget sur proposition de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires. Ce droit comprend, selon le cas : 1° Une part du montant des redevances d'utilisation du réseau ferré national versées à Réseau ferré de France dans la limite de cinq millièmes de ce montant ; 2° Une somme proportionnelle au nombre de kilomètres parcourus sur les autres lignes du réseau ferroviaire, dans la limite de 0,10 € par kilomètre parcouru. Ce droit est déclaré et acquitté par les personnes précitées, dans les mêmes conditions que celles prévues pour le droit de sécurité institué par l'article L. 2221-6, auprès du comptable public de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires. Ce droit est constaté et recouvré dans les mêmes délais et sous les mêmes garanties et sanctions que ceux applicables en matière de taxes sur le chiffre d'affaires.

Le produit de ce droit est affecté à l'Autorité de régulation des activités ferroviaires dans la limite du plafond prévu au I de l'article 46 de la loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012.