Port autonome de Paris est administré par un conseil d'administration, qui comprend : 1° Pour moitié : des membres désignés par les collectivités territoriales et par les chambres de commerce et d'industrie de la circonscription du port, ainsi que de représentants du personnel de ce port. Le nombre de représentants des collectivités territoriales est au moins égal au tiers du nombre des membres du conseil d'administration ; 2° Pour moitié : des membres représentant l'Etat et de personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans les domaines portuaire, de la navigation, des transports, de l'économie régionale et de l'économie générale. Les conditions et modalités d'élection et de désignation des membres du conseil d'administration sont déterminées par décret en Conseil d'Etat.

Le conseil d'administration élit un président parmi ses membres. Le président exerce un contrôle permanent sur l'ensemble de la gestion du port et veille à l'exécution des décisions prises par le conseil.

Le conseil d'administration peut créer en son sein un comité de direction, dans les conditions qu'il fixe, et lui déléguer certaines de ses attributions.

Le conseil d'administration peut être dissous par décret motivé pris en conseil des ministres. Il est, dans ce cas, remplacé provisoirement par une délégation instituée par le même décret et chargée d'expédier les affaires courantes.

Le directeur général de Port autonome de Paris est nommé, sur proposition du ministre chargé des transports, par décret pris après avis du conseil d'administration. Il exécute les délibérations du conseil d'administration et exerce les compétences que ce dernier lui délègue. Il assure, sur le domaine du port, un rôle de coordination des services publics pour les affaires qui intéressent directement l'exploitation du port. Il délivre les permis de stationnement et de dépôt temporaire sur le domaine géré par l'établissement, dans le respect des dispositions de l'article L. 2124-13 du code général de la propriété des personnes publiques.

Le personnel du port, à l'exception du directeur général et de l'agent comptable, est régi par le code du travail.

Dans le cas de la substitution mentionnée à l'article L. 4322-3, le personnel des concessions d'outillage pris en charge par le port est intégré suivant une procédure fixée par décret en Conseil d'Etat. Les garanties dont bénéficiait chacun de ces agents au moment de son intégration, en ce qui concerne les conditions d'emploi, de rémunération et de retraite, ne peuvent être réduites.