Les ressources de Voies navigables de France comprennent : 1° Le produit de la taxe sur les titulaires d'ouvrages hydrauliques prévue à la section 2 ; 2° Le produit des redevances et droits fixes sur les personnes publiques ou privées pour une autre emprise sur ce domaine et un autre usage d'une partie de celui-ci, ainsi que des péages mentionnés au premier alinéa de l'article L. 4412-1 ; 3° Le produit de l'aliénation des biens meubles dont il est propriétaire et des biens immeubles mentionnés à l'article L. 4316-2 ; 4° Les indemnités versées par l'Etat en cas d'affectation à son domaine privé d'immeubles utilisés par l'établissement public ; 5° Les produits issus des filiales et concessions ; 6° Les legs, libéralités et fonds de concours de toute nature ; 7° Le revenu des biens et des disponibilités placés ; 8° Les dotations reçues de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics et de l'Union européenne ; 9° Les emprunts ; 10° Toutes les ressources dont il peut disposer en vertu des lois et règlements.

Lorsque des éléments du domaine public fluvial dont la gestion est confiée à Voies navigables de France sont vendus, le produit de leur vente est acquis à l'établissement. Dans le cas d'un transfert de gestion portant sur un immeuble du domaine public fluvial confié à Voies navigables de France, l'indemnité éventuelle due par le bénéficiaire du transfert est versée à l'établissement public lorsque le transfert est effectué au profit d'une autre collectivité publique que l'Etat.