Les crédits nécessaires au fonctionnement de l'Autorité de contrôle des nuisances aéroportuaires sont inscrits au budget général de l'Etat sur proposition du ministre chargé de l'aviation civile. Les dispositions de la loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne sont pas applicables à leur gestion. Le président de l'autorité est ordonnateur des dépenses. Il présente les comptes de l'autorité au contrôle de la Cour des comptes.

L'Autorité de contrôle des nuisances aéroportuaires dispose de services qui sont placés sous l'autorité de son président. Celui-ci nomme le rapporteur permanent et son suppléant. Pour l'exécution de ses missions, l'autorité établit son règlement intérieur qui est publié au Journal officiel. L'autorité peut employer des fonctionnaires en position de détachement dans les mêmes conditions que le ministère chargé de l'aviation civile. Elle peut recruter des agents contractuels. Les personnels des services de l'autorité sont tenus au secret professionnel pour les faits, actes et renseignements dont ils ont pu avoir connaissance en raison de leurs fonctions.