Un décret en Conseil d'Etat fixe les modalités d'exercice des missions de Réseau ferré de France. En application de ce décret, une convention conclue entre Réseau ferré de France et la Société nationale des chemins de fer français fixe, notamment, les conditions d'exécution et de rémunération des missions mentionnées à l'article L. 2111-9.

Le décret prévu à l'alinéa précédent détermine les modalités selon lesquelles l'établissement exerce la maîtrise d'ouvrage des opérations d'investissement sur le réseau ferré national ou la confie à un tiers. Il détermine les conditions dans lesquelles, par dérogation à la loi n° 85-704 du 12 juillet 1985 relative à la maîtrise d'ouvrage publique et à ses rapports avec la maîtrise d'œuvre privée, les mandats de maîtrise d'ouvrage portant sur des ensembles d'opérations sont confiés à la Société nationale des chemins de fer français. Ce même décret détermine également les conditions dans lesquelles, par dérogation à la loi n° 85-704 du 12 juillet 1985 précitée, Réseau ferré de France confie à la Société nationale des chemins de fer français des mandats de maîtrise d'ouvrage concernant des ouvrages en cours d'exploitation, et pour lesquels cette dernière se verrait confier des missions relevant de la maîtrise d'œuvre ou de la réalisation de travaux.