En faveur des personnes ayant leur résidence habituelle en Guadeloupe, en Guyane, à la Martinique, à Mayotte, en Nouvelle-Calédonie, en Polynésie française, à La Réunion, à Saint-Barthélemy, à Saint-Martin, à Saint-Pierre-et-Miquelon et à Wallis-et-Futuna, le fonds de continuité territoriale finance des aides à la continuité territoriale ainsi que des aides destinées aux étudiants de l'enseignement supérieur et aux élèves du second cycle de l'enseignement secondaire. Il finance également des aides liées aux déplacements justifiés par la formation professionnelle en mobilité.