La région Ile-de-France dispose de la majorité des sièges. Le syndicat est présidé par le président du conseil régional d'Ile-de-France ou par un élu du conseil régional qu'il désigne parmi les membres du conseil d'administration. Le représentant de l'Etat dans la région Ile-de-France est entendu à sa demande par le conseil d'administration du syndicat.