Pour les installations, ouvrages, travaux ou activités soumis à autorisation, la procédure prévue aux articles R. 214-7 à R. 214-10 est dirigée par le préfet du département où doit être réalisée l'opération ou la plus grande partie de l'opération, à l'initiative du ministre de la défense.
A la demande du ministre de la défense, le préfet disjoint du dossier soumis à l'enquête publique et aux consultations les éléments de nature à entraîner la divulgation de secrets de défense nationale.
Les résultats de l'enquête publique ainsi que les avis recueillis notamment, s'il y a lieu, auprès du comité technique permanent des barrages, sont transmis par le préfet au ministre de la défense qui fait établir un rapport sur la demande d'autorisation et sur les résultats de l'enquête publique et le transmet au préfet, avec les prescriptions envisagées, pour présentation au conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques et information du pétitionnaire dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article R. 214-11.