Les divisions chargées des missions de recherche, d'appui technique et d'essais incombant au centre sont organisées en unités de recherche. Elles sont créées, modifiées ou supprimées par décision du directeur général après avis du conseil scientifique et technique.

Les divisions relèvent, au plan scientifique et technique de départements et sont organisées, pour leur gestion administrative en groupements géographiques.

Les divisions peuvent recevoir, sous forme de dotations globales, les crédits qui leur sont alloués au titre du fonctionnement, des missions, du petit et moyen équipement.

Les chefs de divisions du centre sont nommés par décision du directeur général après avis du conseil scientifique et technique. La durée de leur mandat est au maximum de quatre ans, renouvelable deux fois en qualité de responsable de la même division.

En outre, des unités de recherche relevant d'organismes extérieurs peuvent être associées au centre en vertu de conventions prévoyant l'affectation de personnels de recherche ainsi que l'attribution de moyens.

Le directeur général peut créer des services spécialisés pour remplir des fonctions relevant des activités du centre ou des groupements. Les services sont rattachés soit à la direction générale soit à un groupement.

Les départements sont créés, modifiés ou supprimés par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration.

Le directeur général précise leurs modalités de fonctionnement et nomme les chefs de départements après avis du conseil scientifique et technique. La durée de leur mandat est au maximum de quatre ans, renouvelable deux fois.

Le chef de département est responsable sous l'autorité du directeur général, de l'élaboration, de l'animation et de la mise en oeuvre des programmes scientifiques et techniques de son département. Il peut proposer au directeur général toute création, modification ou suppression de divisions ou de services au sein de son département.

Les groupements sont constitués par les divisions et les services d'une même unité géographique. Les groupements sont créés ou supprimés par décision du directeur général après accord du conseil d'administration. Les directeurs de groupements, nommés au maximum pour quatre ans renouvelables deux fois, assurent sous l'autorité du directeur général l'administration des groupements et sont les correspondants du centre avec les autorités et organisations régionales.