Des commissions spécialisées peuvent être créées par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration ; elles sont chargées, dans certains secteurs d'activité du centre :

a) De proposer les orientations de la politique scientifique et technologique ;

b) De donner un avis sur la programmation des activités du centre et les actions de valorisation, d'information et de formation ;

c) De procéder à l'évaluation des programmes et des travaux menés par le centre et des résultats obtenus.

Les membres des commissions spécialisées sont nommés par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration. Ces commissions comprennent des responsables scientifiques et techniques du centre, des personnalités scientifiques et techniques de la communauté scientifique et des secteurs économiques et sociaux concernés, extérieurs à l'établissement, et des représentants élus du personnel au conseil scientifique et technique.