L'agrément peut être retiré à tout moment lorsque l'opérateur cesse de remplir une des conditions sur le fondement desquelles cet agrément lui a été accordé.

Le retrait d'agrément est prononcé par une décision motivée du directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer), après que l'opérateur a été mis à même de produire ses observations, conformément aux dispositions de l'article 24 de la loi n° 2000-321 du 12 avril 2000.