L'établissement est dirigé par un directeur général, nommé par décret, pour une durée de trois ans renouvelable, sur proposition des ministres chargés de l'agriculture et des sports.

Le directeur général prépare les délibérations du conseil d'administration. Il assure l'exécution de ses délibérations. Il assure la direction de l'établissement et le représente dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans les relations internationales.

Il représente l'établissement en justice.

Il a autorité sur l'ensemble du personnel.

Il est responsable de la sécurité des personnes et des biens.

Il recrute, nomme et gère les fonctionnaires membres du corps des adjoints techniques des haras régi par le décret n° 2006-1761 du 23 décembre 2006 relatif aux dispositions statutaires communes applicables aux corps d'adjoints techniques des administrations de l'Etat ainsi que les personnels non titulaires de l'établissement.

Il passe au nom de l'établissement les contrats et marchés et les actes d'acquisition et de vente.

Il est ordonnateur principal des dépenses et recettes de l'établissement et peut désigner des ordonnateurs secondaires.

Il peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement dans des limites qu'il détermine.