Les fonds de mutualisation indemnisent des pertes économiques occasionnées par les incidents environnementaux définis à l'article 71 du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 susmentionné et précisés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'écologie, pris après avis du Comité national de gestion des risques en agriculture.

Les statuts ou les règlements intérieurs des fonds de mutualisation excluent l'indemnisation des pertes subies par des agriculteurs à l'origine de l'incident environnemental dommageable.