Les opérations financières réalisées par chaque service commun font l'objet d'un suivi budgétaire spécifique à l'intérieur du budget de la chambre d'agriculture à laquelle il est rattaché, sous forme d'un programme spécifique. Conformément aux règles budgétaires applicables aux chambres d'agriculture, ses recettes et ses dépenses détaillent les opérations de fonctionnement et les opérations financières.

Le compte rendu annuel d'activité, les budgets et le compte financier de chaque service commun sont annexés aux budgets et au compte financier de l'établissement auquel il est rattaché. Ils sont transmis pour information à chaque établissement participant et à son agent comptable ainsi qu'à l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture et aux autorités de tutelle de l'établissement auquel le service est rattaché.

Toute chambre d'agriculture participant à un ou plusieurs services communs inclut dans la délibération prise en session à l'occasion de l'approbation de son budget et de son compte financier la liste des services communs auxquels elle participe et les contributions correspondantes.