Le fonds intercommunal de péréquation est géré par un comité de gestion, présidé par le représentant de l'Etat et comprenant des représentants des communes, du conseil général et de l'Etat. Les représentants des collectivités territoriales constituent la majorité des membres du comité de gestion.

Ce comité répartit les ressources perçues par le fonds intercommunal de péréquation en application de l'article LO 6175-2 entre les sections de fonctionnement et d'investissement. Il peut décider d'attribuer une dotation affectée à des groupements de communes pour la réalisation d'opérations d'investissement ou la prise en charge de dépenses de fonctionnement présentant un intérêt intercommunal.