Ce centre est placé sous la responsabilité conjointe, chacun dans son domaine de compétence, du directeur de l'établissement public de santé national de Fresnes et du directeur d'hôpital mis à la disposition de cet établissement par le ministre chargé de la santé.

Le directeur de l'établissement public de santé national de Fresnes exerce les compétences attribuées au directeur des services pénitentiaires par les sous-sections 2 et 4 de la présente section. Il désigne parmi les personnels sur lesquels il a autorité ceux chargés de la surveillance des personnes retenues et des missions de greffe relevant du centre.

Le directeur d'hôpital exerce les compétences attribuées au directeur d'établissement public de santé par les sous-sections 2 et 4 de la présente section.A ce titre il passe des conventions entre l'établissement public de santé national de Fresnes et un ou plusieurs établissements publics de santé afin qu'une prise en charge sanitaire et psychologique permanente soit assurée aux personnes retenues.