Le budget comprend l'ensemble des prévisions de recettes et de dépenses de l'établissement. Il est présenté de manière à faire apparaître séparément les prévisions des services administratifs, celles du contrôle médical, et celles de l'action sanitaire et sociale.

Les crédits inscrits aux chapitres budgétaires sont limitatifs, à l'exception des crédits ouverts pour le paiement des prestations obligatoires qui ont un caractère évaluatif.

Le budget est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale pour la partie relative aux services administratifs, et par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale pour les parties relatives au contrôle médical et à l'action sanitaire et sociale.

En cours d'année, les modifications aux prévisions du budget font l'objet de décisions modificatives approuvées dans les mêmes conditions que le budget.

Toutefois, le pouvoir d'approbation est délégué au membre du corps du contrôle général économique et financier lorsque les décisions modificatives ont pour objet d'autoriser des transferts de crédits de chapitre à chapitre.