Le président du conseil d'administration est assisté par un directeur scientifique général qui est chargé de préparer la définition de la politique scientifique à long terme de l'office et d'assurer l'insertion des programmes annuels et pluriannuels dans le cadre de cette politique scientifique. Le directeur scientifique général exerce un rôle majeur dans l'évaluation du travail des équipes de recherche et des chercheurs de l'office et prépare donc les décisions concernant la carrière de ces personnels. Il propose toute mesure pouvant concourir au rayonnement de l'office dans les instances scientifiques nationales et internationales.

Le directeur scientifique général participe aux réunions du conseil d'administration sans prendre part aux votes.

Il est nommé par le président du conseil d'administration, après consultation du Haut Conseil scientifique et avec l'agrément du ministre de la défense, du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'aviation civile.