L'établissement est doté d'un plan comptable approuvé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé des transports, après avis de l'Autorité des normes comptables. Les comptes sont tenus de façon à distinguer la gestion du régime lui-même du fonctionnement propre de l'établissement. Les opérations financières et comptables de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique sont réalisées par le caissier général de la Caisse des dépôts et consignations conformément aux règles propres appliquées à cette dernière.