L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du contrôle financier sont fixées par arrêté du ministre de tutelle et du ministre chargé du budget. Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur de l'établissement, après accord du contrôleur financier, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. Les régisseurs sont désignés par le directeur de l'établissement avec l'agrément de l'agent comptable.