Dans l'armée de terre, la marine et l'armée de l'air, l'enseignement militaire supérieur des premier et deuxième degrés relève du chef d'état-major concerné. A la direction générale de l'armement, cet enseignement relève du délégué général pour l'armement. Le directeur général de la gendarmerie nationale, le directeur central du service de santé des armées, le directeur central du service des essences des armées, le directeur central du service d'infrastructure de la défense et, pour la justice militaire, le directeur des affaires juridiques peuvent être chargés de diriger l'enseignement conduisant à l'acquisition de certains diplômes ou brevets propres à leur formation rattachée.

L'enseignement militaire supérieur au-dessus du deuxième degré ainsi que l'enseignement militaire supérieur interarmées du deuxième degré sont placés sous l'autorité directe du chef d'état-major des armées.