La caisse est soumise au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

Le compte financier peut comprendre plusieurs sections.

Le plan comptable est adapté au caractère d'établissement de crédit de la caisse.

Un arrêté conjoint du ministre chargé du logement, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget fixe le règlement comptable et financier de la caisse.