Le périmètre des bassins hydrographiques dans lequel l'Etablissement public du Marais poitevin assure les missions prévues par les articles L. 213-12 et L. 213-12-1 est déterminé par arrêté du ministre chargé de l'environnement.

Sont inclus dans ce périmètre les sous-bassins d'alimentation en eau du Marais poitevin ainsi que les masses d'eau souterraines que ce même arrêté leur rattache en fonction de leur situation géographique ou des effets des prélèvements ou des pollutions.

Les sites Natura 2000 désignés comme zones spéciales de conservation et zones de protection spéciale par décision de l'autorité administrative en application de l'article L. 414-1 compris en totalité dans ce périmètre y sont répertoriés.