Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président et au moins deux fois par an.

Il est obligatoirement convoqué dans le mois qui suit la demande du ministre chargé de l'environnement ou de la majorité de ses membres.

Le président arrête l'ordre du jour.

Le président du comité de bassin, le directeur général de l'agence, le commissaire du Gouvernement et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.

L'autorité chargée du contrôle financier a droit d'entrée avec voix consultative à tout comité, commission ou organe consultatif existant en son sein.

Le directeur général peut se faire assister de toute personne de son choix.