Les mesures à mettre en oeuvre pour les masses d'eau identifiées dans l'état des lieux comme risquant de ne pas satisfaire aux objectifs de qualité environnementale font l'objet d'une analyse économique préalable afin de rechercher leur combinaison la plus efficace à un moindre coût.

Afin de réduire le traitement nécessaire à la production d'eau destinée à la consommation humaine conformément aux objectifs mentionnés à l'article R. 212-14, le programme comporte, dans les zones de protection des prélèvements d'eau et, le cas échéant, dans d'autres zones protégées mentionnées à l'article R. 212-4, des mesures particulières propres à prévenir les pollutions, notamment par les nitrates et pesticides.