L'agence est soumise au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'économie, assure le contrôle de la gestion financière de l'agence.

Sous réserve des dispositions de l'article R. 131-10, l'agence est également régie par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 modifié relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social.