L'agrément en qualité de conservatoire botanique national est délivré, pour une durée de cinq ans renouvelable, par le ministre chargé de la protection de la nature, après avis de la commission des conservatoires botaniques nationaux.

Lorsque l'activité ou le fonctionnement d'un conservatoire botanique national n'est pas conforme aux objectifs mentionnés à l'article D. 416-1 ou au cahier des charges, le ministre chargé de la protection de la nature peut retirer l'agrément. Il recueille, au préalable, l'avis de la commission des conservatoires botaniques nationaux et entend le responsable de l'établissement.