Le comité national se réunit sur convocation de son président, en tant que de besoin, et au moins une fois par an. Le président fixe l'ordre du jour, sur proposition du secrétariat. Le comité peut également être réuni à la demande de plus de la moitié de ses membres et émettre, à son initiative, des propositions ou des recommandations.

Le secrétariat du comité national est assuré par le ministre chargé de l'environnement et le ministre chargé de l'urbanisme, avec l'appui du délégué interministériel à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale.

Le comité national peut créer en son sein des commissions spécialisées et adopte à cette fin un règlement intérieur déterminant la liste, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de ces commissions ainsi que les cas où le comité peut leur déléguer sa compétence consultative.