Les cycles annuels d'instruction sont analogues à ceux des établissements de l'enseignement public ; les programmes sont conformes à ceux fixés par le ministre chargé de l'éducation. Les séries et options d'enseignement des classes du second degré sont déterminées par arrêté du ministre de la défense, sur proposition des autorités de tutelle. La nature des classes préparatoires est définie conformément aux dispositions de l'article 11 du décret n° 94-1015 du 23 novembre 1994 relatif à l'organisation et au fonctionnement des classes préparatoires aux grandes écoles organisées dans les lycées relevant des ministres chargés de l'éducation, de l'agriculture et des armées.