Le directeur du centre de la Réunion est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation, sur proposition du directeur du Centre international d'études pédagogiques.

Il assure, dans le cadre de la politique générale de l'établissement et sous l'autorité de son directeur, la gestion du centre. Il peut déléguer sa signature aux agents du centre, dont la liste est fixée par décision du directeur du Centre international d'études pédagogiques.

Dans l'exercice de sa mission, il est assisté d'une commission consultative présidée par le recteur d'académie de la Réunion ou son représentant et dont la composition est fixée par le ministre chargé de l'éducation. Cette commission est associée à l'élaboration du programme d'action du centre local. Elle se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président. Le directeur du centre assiste aux réunions de la commission.