Sous l'autorité du recteur, le secrétaire général d'académie est chargé de l'administration de l'académie. En cas d'absence ou d'empêchement, il supplée le recteur.

En cas de vacance momentanée du poste de recteur, le secrétaire général d'académie assure l'intérim. Toutefois, l'intérim du recteur de l'académie de Paris est assuré par le vice-chancelier des universités de Paris pour les questions mentionnées à l'article R.* 222-17 et par le directeur de l'académie de Paris pour les questions mentionnées à l'article R.* 222-18.