L'agence est administrée par un conseil d'administration comprenant, outre son président nommé par décret et deux parlementaires désignés respectivement par l'Assemblée nationale et le Sénat, des représentants :

1° Des ministres chargés, notamment, des affaires étrangères, de la coopération, de l'éducation et des finances, en nombre au moins égal à la moitié des sièges du conseil d'administration ;

2° De l'Assemblée des Français de l'étranger, des organismes gestionnaires d'établissements, des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger, ainsi que des personnels affectés tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence.

Le nombre des représentants des personnels affectés dans les établissements d'enseignement français à l'étranger et dans les services centraux de l'agence doit être égal au moins à la moitié du nombre des représentants visés au 2° ci-dessus.