Le directeur de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger nomme ordonnateurs secondaires les chefs des établissements en gestion directe et les chefs des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article D. 452-1.

Il prépare et présente le budget de l'établissement public qui comporte l'ensemble des recettes et des dépenses des services centraux, des établissements en gestion directe et des groupements de gestion. Au sein de ce budget, un tableau spécifique regroupe, par section et par nature, l'ensemble des budgets établis par les ordonnateurs secondaires des établissements en gestion directe et des groupements de gestion. Le budget de l'agence comprend un compte de résultat prévisionnel et un tableau de financement abrégé prévisionnel. Les recettes et les dépenses y sont classées par nature selon le plan comptable de l'agence défini par le directeur de l'agence, approuvé par le ministre chargé du budget.